Madoka Kaname es una adolescente de 14 años que disfruta de una vida normal y corriente rodeada por una familia y amigos que la quieren. Un día, ella y su amiga Sayaka Miki tienen un encuentro con una extraña criatura mágica que les concede un deseo a cada una de ellas. A cambio deberán convertirse en Puella Magi y usar sus poderes mágicos para combatir a las entidades conocidas como brujas, que actúan como catalizadores de la desesperación abocando a gente a cometer asesinatos y suicidarse. Mientras una Magical Girl, Mami Tomoe, las anima a aceptar el trato, otra de ellas, la misteriosa Homura Akemi, las advierte de que no lo hagan. ¿Aceptarán el trato una vez sean testigos de los riesgos que conlleva convertirse en una Puella Magi?