Un buen día, una tímida estudiante de 14 años llamada Lain Iwakura recibe un enigmático e-mail procedente de una compañera de clase. Esto no tendría mayor importancia, de no ser por el hecho de que la remitente del mensaje es Chisa Yomoda, una muchacha que murió unas semanas antes. En este inesperado mensaje, Chisa asegura que ha abandonado el mundo físico, pero que continúa viva en la Red, donde finalmente ha sido capaz de encontrar a Dios. A partir de ese momento, Lain pasará cada vez más tiempo conectada a internet, obsesionada con la idea de encontrar una respuesta al increíble e-mail que parece estar relacionado con las muertes de estudiantes que se están produciendo a su alrededor. Pero cuanto más se acerque a esa respuesta más extraño se irá volviendo el mundo que la rodea, hasta el punto de convertirse en una auténtica pesadilla electrónica llena de visiones premonitorias. Todo ello desembocará en el nacimiento de otra Lain con una personalidad completamente opuesta a la suya. Y esto la llevará a una nueva pregunta, probablemente la única importante: ¿Quién o qué es Lain? o dicho de otra manera... ¿Qué significa estar vivo?