La joven Asuna no puede olvidar una misteriosa melodía que ha escuchado a través de su radio, que utiliza como diodo un cristal que le dejó su padre como recuerdo. Poco después, conoce a Shun, un misterioso joven que dice venir del reino subterráneo de Agartha. Pero justo cuando empieza a despertar algo entre ellos, el muchacho desaparece súbitamente. Con el deseo de volver a verle, los acontecimientos empujan a Asuna a un viaje a Agartha repleto de aventuras y peligros. La acompañan Morisaki, un profesor dispuesto a todo para reunirse de nuevo con su difunta esposa, y Shin, el hermano de Shun. Los tres emprenden el viaje a través de una tierra legendaria que les enseñará a aceptar la pérdida en un mundo lleno de belleza y crueldad a partes iguales.