La historia comienza en el año 11 de la Era Meiji, diez años después de finalizar el Bakumatsu y con él, la Era Tokugawa; al llegar Kenshin a Tokio, conoce a Kamiya Kaoru, una adolescente de 17 años que es huérfana de ambos padres. La joven trabaja como instructora suplente de un dojo de Kendo donde se practica el estilo Kamiya Kashin Ryū heredado de su padre. Luego de que Kenshin la salvara de un grupo de ladrones empeñados en quedarse con su propiedad, quienes en realidad eran unos antiguos alumnos del dojo los cuales para mancillar la reputación del mismo y quienes a modo de venganza por haber sido expulsados por el padre de la joven, usaban el nombre de Battōsai para cometer múltiples homicidios en la ciudad. Kaoru le invita a quedarse a vivir con ella hasta que decida volver a vagabundear, restándole importancia al pasado del joven lo cual lo deja muy sorprendido. Con el tiempo se les unirán Yahiko Myōjin, un niño huérfano que era obligado a robar en las calles por un grupo de yakuza y es salvado por Kenshin y puesto a entrenar con Kaoru; Sagara Sanosuke, un luchador a sueldo que odia profundamente a los Ishin Shishi; y Takani Megumi una doctora involucrada involuntariamente en el oscuro mundo del tráfico de drogas que busca a su familia perdida de Aizu. Los problemas surgirán cuando distintos enemigos relacionados con el oscuro pasado de Kenshin hagan aparición. A muchos de ellos los moverán intereses superficiales, otros en cambio serán antiguos enemigos que buscarán venganza.