Monstruos grotescos parecidos a Godzilla llamados “kaijuu” han estado apareciendo en Japón durante muchos años. Para combatir a estas bestias, una unidad militar de élite conocida como Cuerpo de Defensa arriesga sus vidas a diario para proteger a los civiles. Una vez que una criatura muere, los “barrenderos”, que trabajan bajo la Corporación de Limpieza Profesional Kaijuu, se quedan para deshacerse de sus restos.

Kafka Hibino, un hombre de 32 años, no está satisfecho con su trabajo como barrendero. Desde muy joven, ha aspirado a unirse al Cuerpo de Defensa y a matar kaijuus para ganarse la vida. Sin embargo, después de algunos intentos fallidos, abandonó sus sueños y se resignó a la mediocridad que le proporcionaba un sueldo decente.