La paz en Japón está protegida por las Lycoris, chicas huérfanas entrenadas para convertirse en asesinas profesionales mientras pasan desapercibidas haciéndose pasar por colegialas. Una de ellas es Takina, que desobedece sus órdenes durante una operación para salvar a una compañera, poniendo en compromiso el secretismo de la organización a la que pertenece. Así, acaba siendo transferida como «castigo» a una filial que usa una cafetería como tapadera. Allí trabajará con Chisato, una legendaria Lycoris que suele actuar en solitario debido a su peculiar personalidad pero que tiene unas habilidades asombrosas.