La historia sigue a Kafka Hibino, un hombre de 32 años que trabaja como limpiador de restos de kaiju (monstruos gigantes) en Japón. Desde joven, Kafka soñaba con unirse a la Fuerza de Defensa para combatir a estos monstruos, pero tras varios intentos fallidos, abandonó su sueño. Sin embargo, después de un incidente en el que un kaiju entra en su cuerpo, Kafka adquiere la capacidad de transformarse en un kaiju humanoide, conocido como "Kaiju No. 8". Con sus nuevos poderes, decide darle una última oportunidad a su sueño de unirse a la Fuerza de Defensa y proteger a la humanidad desde dentro.