El día que Taiju Oki, un adolescente fuerte pero algo palurdo, se decide por no declararle su amor a Yuzuriha, sucede algo radical e inesperado: justo un segundo antes de la declaración, causas desconocidas llevan al total de la humanidad a convertirse instantáneamente en piedra. Después de 3.689 años y 158 días, durante los que ha luchado por no perder la consciencia y desaparecer, Taiju nalmente emerge de la piedra y vuelve a la normalidad. Aunque sólo para descubrir que el resto de la humanidad jamás despertó de su sueño pétreo. Luego se entera de que su amigo Senku, un genio absoluto de vocación cientí ca y mentalidad mucho más pragmática, también ha sobrevivido, y juntos encuentran una fórmula para volver a la vida a muchas de las estatuas que no se han partido en pedazos con el paso de los siglos. Llegados a este punto se marcan como objetivo reconstruir la civilización desde sus cimientos y tratar de alcanzar el mismo desarrollo tecnológico que había antes de la catástrofe.