En 1867, el bakufu de Edo - el último shogunato feudal en Japón - cedió al Emperador Meiji el poder para gobernar; pero los Oniwaban, un grupo encubierto de espías, todavía trabajaban para el shogunato con el objetivo secreto de proteger al shogun y recabar información valiosa. Los Oniwaban se disfrazaron para ocultarse y establecieron su sede central secreta cerca de Hanamikoji, la famosa calle de Kyoto. En 1878, con la ayuda de hábiles agentes femeninas, los Onibawan asesinaron al secretario de estado, lo que planteaba una seria amenaza para el gobierno de Meiji.

Frustrado por la mera existencia de los Onibawan, el gobierno de Meiji contraatacó con una agencia de inteligencia propia. Su financiación gubernamental combinada con la avanzada tecnología de la Revolución Industrial (como pistolas aturdidoras eléctricas, sistemas de defensa de misiles y aparatos de escucha sin cables), giraron las tornas del conflicto y dejaron a los Onibawan severamente perjudicados.

La lucha se alargó durante varias décadas hasta que Japón sufrió una depresión financiera en 1927, justo antes de la Primera Guerra Mundial. La inestabilidad creció y los Onibawan estuvieron más activos que nunca; tras meses de investigaciones secretas, finalmente descubrieron el archivo responsable de toda esa tecnología tan avanzada. Al mismo tiempo, el gobierno localizó la sede central secreta de los Onibawan. Todo ello llevó el conflicto a una conclusión dramática.